Храм во имя Святого Николая Чудотворца в Подкопаях, близ Солянки (Подкопаевский пер., 15/7), впервые упоминается в 1493 году, когда сюда удалился великий князь Иван III Васильевич после пожара, истребившего дворец в Кремле. В 1686 году при церкви было устроено кладбище, и о ней упоминается как о церкви каменной, и именуется она церковью Николая Чудотворца Подкопаева. Вероятно, название произошло от фамилии какого-либо Подкопаева, строителя или возобновителя церкви.

Существует, впрочем, следующее предание... Воры собрались похитить из этой церкви имущество и подкопались под стену храма. Через подкоп они влезли в церковь, похитили серебряную ризу с иконы святителя Николая и удалились, но один из них в том подкопе был завален и умерщвлен обвалившимися камнями. Поэтому будто бы и церковь получила наименование "в Подкопаях".

Известен так же рассказ, опубликованный С. Нилусом о чудесном избавлении Николаем Чудотворцем купца от разорения. По этому преданию Святитель разрешил купцу сделать подкоп в храм и забрать ризу с его чтимой иконы. А когда купец снова "встал на корень", то изготовил такой же оклад и возвратил его обратно в храм.

Еще одна версия объясняет название также подкопом, - здесь, у берегов реки Рачки находился карьер для добычи глины. Под асфальтом до сих пор находятся залежи отменной красной глины.

Интересно, что во время недавнего вскрытия пола выяснилось, что под храмом существует заброшенное сводчатое помещение, от которого ведут засыпанные подземные ходы.

Церковь несколько раз переделывали - в конце XVII - начале XVIII вв., в середине XVIII века. В результате пожара 1812 года церковь сильно пострадала и была восстановлена в 1855-1858 годах по проекту Н.И. Козловского. В то время храм получает статус Александрийского подворья. Под поздней отделкой до сих пор скрывается декор 17 века. Сейчас уже видны некоторые фрагменты открытые реставраторами.

В церкви три престола: Казанской Божьей Матери, Святого. Николая Чудотворца и Прп. Сергия Радонежского. Каменная шатровая часовня при Никольской церкви построена в 1885 г. на средства настоятеля Александрийского подворья архим. Геннадия. Освящена в 1887 г. Закрыта вместе с храмом в 1929 г., тогда был уничтожен шатёр, сломаны кресты и главки на приделах. В церкви устроили жилые помещения, а затем - гальванический цех.

Храм возвращён и вновь освящён в 1991 г. При храме действует воскресная школа для детей, православная школа риторики для взрослых, ведется воспитательно-просветительская работа в Таманской дивизии, открыта книжная торговля